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Sep 07, 2023

Estratégias de estabilização e normalização da urina favorecem a análise imparcial do conteúdo urinário de EV

Scientific Reports volume 12, Artigo número: 17663 (2022) Citar este artigo

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A urina apresenta uma fonte ideal de marcadores diagnósticos não invasivos. Algumas questões intrínsecas e metodológicas ainda colocam barreiras ao seu pleno potencial como substrato para biópsia líquida. Ao contrário do sangue, a concentração de urina varia de acordo com a nutrição, hidratação e fatores ambientais. A urina é enriquecida com VEs do trato geniturinário, enquanto sua conservação, purificação e normalização podem introduzir viés na análise de subconjuntos de VE em comparações inter e intra-individuais. O presente estudo avaliou os métodos que diminuem tais vieses, como armazenamento de urina apropriado e viável, método ideal de purificação de EV em etapa única para recuperação de proteínas e RNAs de pequenos volumes de urina e um método de normalização para análise quantitativa de RNAs de EV na urina. Ultracentrifugação, precipitação química e imunoafinidade foram utilizadas para isolar EVs da urina de doadores saudáveis ​​que foi armazenada congelada ou em temperatura ambiente por até 6 meses. Vários parâmetros bioquímicos e EV da urina, incluindo contagem de partículas e conteúdo de proteína, foram comparados em amostras de urina. Para tanto foram realizadas análises de rastreamento de nanopartículas (NTA) e avaliação de proteínas por ensaios BCA, ELISA e WB. Estas medições foram correlacionadas com abundâncias relativas de mRNAs e miRNAs de EV selecionados avaliados por RT-PCR e classificadas quanto à capacidade de refletir e corrigir variações de conteúdo de EV em amostras longitudinais de urina. Todos os métodos de purificação permitiram a recuperação e análise a jusante de EVs a partir de apenas 1 ml de urina. Nossas descobertas destacam a estabilidade a longo prazo dos RNAs EV após o armazenamento da urina à temperatura ambiente, bem como a excelente correlação do conteúdo EV na urina com algumas características bioquímicas medidas rotineiramente, como proteína total na urina e albumina, mas não a creatinina mais convencionalmente usada para normalização da urina. A avaliação comparativa de mRNA e miRNAs em isolados de EV revelou RNAs específicos, em particular RNY4 e pequeno painel de miRNA, cujos níveis refletiram bem a variação de EV entre amostras e, portanto, úteis como possíveis normalizadores pós-analíticos do conteúdo de RNA de EV. Descrevemos algumas soluções realistas de processamento e normalização de urina para leitura imparcial de estudos de biomarcadores EV e amostragem e diagnósticos clínicos de rotina, fornecendo a entrada para o projeto de estudos de validação maiores empregando EVs de urina como biomarcadores para condições e doenças específicas.

A urina é uma fonte atraente e acessível de marcadores diagnósticos potencialmente valiosos para um conjunto de condições clínicas, mais proeminentemente aquelas que afetam o trato urogenital, como doenças ou lesões renais e cânceres urogenitais. Além disso, os biomarcadores urinários demonstraram potencial também para patologias não urológicas1,2, tais como outros cancros (ou seja, cancro da mama ou do pulmão), distúrbios metabólicos e endócrinos (ou seja, diabetes), condições inflamatórias (ou seja, aterosclerose e osteoartrite) e até mesmo doenças neurodegenerativas ou neuropsiquiátricas. doenças. A utilização de testes de urina para diagnosticar doenças é uma prática antiga (por exemplo, detecção de glicose em indivíduos diabéticos provando-a ou atraindo formigas, ou detecção de albumina como indicador de doença renal através de um “teste de espuma”) e tem permanecido um componente subjacente da medicina investigativa ao longo do século XX e início do século XXI3. Com o advento das técnicas modernas de -ômica, é revelada uma miríade de componentes da urina cujas alterações quantitativas e qualitativas deverão ter valor diagnóstico e preditivo na área clínica.

Paradoxalmente, a urina ainda é pouco estudada como fonte totalmente não invasiva de biomarcadores de biópsia líquida que podem ser utilizados longitudinalmente para diagnóstico e monitoramento. Esse paradoxo se deve às características particulares desse biofluido e aos obstáculos metodológicos que ainda interferem na passagem de candidatos a biomarcadores à prerrogativa quantitativa de validação e implementação de ensaios diagnósticos.

 80% abundance of small RNAs (miRNA) in all samples, but RNA content resulted too low to enable accurate Qubit 2.0 measurements, with some samples containing < 250 pg/μl. The latter was expected as our samples were obtained from urine volumes as low as 1 ml11. Therefore, we could not use a fixed RNA amount, but have decided to use an equal original urine volume for input normalization n amplification reactions. Such decision is in line with the common practice in diagnostic sampling22. MiRNAs are among the exosome cargo molecules that have elicited substantial interest and have been early approached for potential clinical interest. Different miRNAs have been described as associated to urinary vesicles in healthy or diseased subjects6,12,23,24,25. For the purpose of stability testing in this study we have first picked up several miRNAs commonly expressed in EVs, also in urine23,25. Within 1 month of storage, notoriously abundant miRNAs such as miR-21, 16 and 210 are successfully amplified (with Ct values ranging between 23 and 33) from exosome-sized vesicles purified from 1 ml of urine and showed high stability in samples preserved at RT (Fig. 3). The content of analyzed miRNAs was quantified as relative expression to that of a reference sample with known and constant RNA input (EV RNA from LnCAP cell culture)13,14. As expected, miR-451 resulted low abundant but was still revealed in all the samples tested. Increased stability of EV RNAs upon storage at RT was confirmed also after 6 months, in particular in UC samples. All three employed methods gave the material that can be reliably amplified and quantified, with the lowest miRNA expression obtained from IP samples. This result has been anticipated by an acknowledged fact that immunoaffinity selects for EV subpopulations, trading off the yield for specificity and purity. Interesting exception is observed for miRNA 210 that resulted highly enriched in IP samples (Fig. 3)./p>

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